Aminoacizii se împart, dupa proprietatile lor, în doua mari clase: alifatici si aromatici. Prima clasa cuprinde toti aminoacizii care cu gruparile COOH si NH2 legate de o catena alifatica, indiferent daca molecula lor contine si inele aromatice sau heterociclice. În moleculele amino-acizilor aromatici, ambele grupe functionale sunt legate de un nucleu arilic.

Aminoacizii alifatici, la rândul lor, se divid în alfa-aminoacizi, beta-aminoacizi, etc., dupa pozitia ocupata de grupa amino în catena, fata de grupa carboxid.

Aminoacizii naturali, alfa-aminoacizi, sunt deosebit de importanti fiindca unii dintre ei iau nastere la hidroliza proteinelor si sunt deci produsi naturali de cea mai mare însemnatate. Din cauza aceasta s-au studiat amanuntit proprietatile lor prin sinteza. Dupa structura lor chimica, se disting sase grupe de alfa-amino-acizi, izolati din produsii de hidroliza ai proteinelor:

1.Grupa aminoacizilor monocarboxilici: Glicol sau Glicina, Alanina, Valina, Leucina, Izoleucina, Fenilalanina.
2.Grupa aminoacizi dicarboxilici: acid asporagic, acid glutamic.
3.Grupa hidroxi-aminoacizi: Serina, Treonina, Tirosina.
4.Grupa trio-aminoacizilor: Cisteina, Cistina, Metionina.
5.Grupa diaminoacizilor: Ornitina, Lisina, Hidroxilina.
6.Grupa aminoacizilor heterociclici: Prolina, Hidroxiprolina, Histidina, Triptofan.

Cei 20 de amino-acizi mentionati mai sus sunt de raspândire universala. În afara de acestia, se gasesc în natura, în numar destul de mare, amino-acizi mai rari, fie în unele proteine sau peptide, fie liberi în plante. Mai trebuie remarcat ca cisteina se obtine la hidroliza proteinelor, de obicei sub forma de cistina, ornitina este continuta în proteine sub forma de arginina. Aceasta pierde însa gruparea guanidica în cursul hidrolizei.